Die Navigation um die gesamte Insel herum erfordert keine besonderen Fähigkeiten aber vielfach grosse Aufmerksamkeit und Genauigkeit und ist daher für Anfänger und Ungeübte nicht leicht zu meistern.
Gezeitennavigation ist in diesem Revier nicht notwendig, obwohl es natürlich auch in der Ostsee eine Gezeit gibt. Diese fällt aber wegen der isolierten Lage des Randmeeres und der relativ geringen Ost-West-Ausdehnung entsprechend gering aus.

Größere Unterschiede in den Wasserständen werden um Rügen herum nur durch wechselnde Windbedingungen verursacht, können aber normalerweise vernachlässigt werden.
Durch eine gute Betonnung ist auch die Navigation im Strelasund nicht besonders anspruchsvoll, wobei man sich mit entsprechendem Tiefgang jedoch unbedingt an das Fahrwasser halten sollte, da vor allem zwischen Rügen und Hiddensee teilweise weniger als 50 cm Wassertiefe vorhanden sind. Ausserdem können die Flachs sich durch Strömungen und Küstenabbrüche verlagern.
Bei entsprechendem Wetter kann auch in der Nacht im gesamten Revier nach Sicht navigiert werden, da grössere Fahrwasser und Hafeneinfahrten in der Regel mit Leuchttonnen gekennzeichnet sind und die Leuchttürme von Kap Arkona, Kollicker Ort, Sassnitz, Dornbusch und der Greifswalder Oie entsprechende Landmarken bieten.
Ausgedehnte Flachwassergebiete findet man westlich von Hiddensee, im gesamten Strelasund und teilweise im Greifswalder Bodden, besonders im Greifswalder Bodden entsteht bei starkem Ostwind schnell eine sehr kurze und steile Welle, deren verheerende Wirkung man leicht unterschätzt.
Die Brückendurchfahrt durch den Rügendamm muss zeitlich sehr genau geplant werden, da die Klappbrücke im sudlichen Teil der Festlandsanbindung (Ziegelgrabenbrücke) zwar mehrmals am Tag, aber immer nur sehr kurz öffnet. Bei entsprechender Zeitreserve ist das Verpassen der letzten Öffnung jedoch kein Problem, da sich direkt nördlich und der Brücke die große Citymarina von Stralsund befindet und südlich der Dänholm einige Liegeplätze bietet.
Die Strömungsverhältnisse um Rügen herum hängen in erster Linie von den Windenverhältnissen ab und können sich z. T. sehr schnell und sehr stark ändern, besonders im Strelasund sollte man daher, trotz allseitiger Landabdeckung, auf die aktuellen Windverhältnisse achten.
Große Teile von Rügen und der umliegenden Gewässern sind ausgewiesene Schutzgebiete, in denen entsprechende Befahrensverbote gelten oder die für den Yachtsport komplett gesperrt sind, z. B.
Anlegeverbot auf Vilm,
Anlaufen der Greifswalder Oie nur als Nothafen,
Einhalten eines Mindestabstandes zu allen Schutzgebieten,
Verbot für Maschinenfahrzeuge in Teilen des Strelasund und in einigen Teilen des Greifswalder Boddens
undVerbot für alle Fahrzeuge in Teilen des Strelasund und in einigen Teilen des Greifswalder Boddens.